突然ですが、私は「動作する」という言葉が嫌いです。
　私の場合、機械分野ばかりですが、基本的には「作動する」という言
葉を使っています。「作動する」というと、「動き始める」という感じ
がしますか？ 訳し分けないと不正確になると思われますか？ しかし、
大体、文脈から、意味を取り違える可能性はないと思います（私の訳し
ている文章の場合）。
　「動作する」という言葉は、コンピュータで流行し始めた造語なんで
しょうが、もともと日本語には存在しなかった言葉だと思いますし、造
語くさく、翻訳くさい感じがするのは、私だけでしょうか？

kankroさん、同感です。

「動作」は、そもそも「機敏な動作」とか「動作が鈍い」といった
具合に、人間の動きを表現する「名詞」だったはずです。

それを「サ変動詞」として使って良いかどうか、というところが、
まず気になりますね。

「とっさに素早く動作する」とは言いませんからね。

「動作する」はコンピュータ分野でしか使いませんね。
一種の専門用語と捉えてもよいかもしれません。
どこの誰が使い始めたのか知る由もありませんが、私も嫌いです。

「作動する」に「動き始める」という意味合いが全くないわけではない
のでしょうが、
使い分けが必要ならば「始動」や「起動」と区別してもよいですね。

「動作する」という言葉は自然な日本語ではないと私も感じています。
機械の動きは、すべて「作動する」と書くようにしています。
ただ、「動作する」という言葉がコンピュータが普及するより前から
使われていたことも確かです。例えば、「無線設備規則」を見ると
それがわかります。

「比例動作」「積分動作」などは昔から使われていたと思います。

「動作」と「作動」は直感的に使い分けていましたが、根拠を問われる
と困ってしまいます。そのうちゆっくり調べよう…と思いながらそのま
まになるのはこの件に限らず（とほほ）。