shinさん、こんにちは。
the X and Y command　とX and Y commands　では意味が違ってくると
思います。前者だと「XとY」という1つのもののコマンド、後者だと
Xのコマンド、Yのコマンドだと思うので１つにまとめる場合は
X and Y commands　になるでしょう。ところでこれって冠詞でしたっけ？

すみません。投稿してから自分がなんか勘違いしていたことに気づき・・・
theという冠詞について疑問があったのですよね。冠詞をつけるかつけないか
は前後の文脈を見てみないとよく分かりません。英訳で何がむずかしいって
一番むずかしいのが冠詞です。答になってなくてすみません。

セロリさんへ

どうもありがとうございました。
実は、私が質問した文自体に間違いがありました。
正しくは、

You have to enter the X command and the Y command.
のcommand部分をまとめたらどうなるのでしょうか？

でした。

その後、友人に、
the X and Y commands
になると教えてもらいました。

大変失礼致しまた。
ご協力に感謝いたします。