背景がよくわかりませんが、とりあえず文の形だけでの判断を書かせ
ていただきます。

＞initial monomers 以下が、上の部分のmolecular moietiesにより
＞官能化されるのか

これだと initial monomers の前に of が必要ではないでしょうか。

＞initial monomers 以下は上の部分の enebles 係り、使用すること
＞が可能なのでしょうか。

enable の目的語が functionalization（抽象概念）と monomers（具
体物）では違いすぎるので、普通は並列しないのではないでしょう
か。

ということで、such as の後の３つの名詞句すべてが並列されている
ように思われます。

かみきさん：


>while the second silane enables functionalization with
>molecular moieties of interest, such as small molecules,
>
>initial monomers to be used in the solid phase synthesis of
>oligomers, or intact oligomers.
>
結論からいえばTAKINさんと同じです。
シランでとりあえず有機物を導入（つまりfunctionalization)できるよう
に表面処理するのでしょう。ついでsmall molecules（低分子量化合物）、
オリゴマーのもととなるmonomer（単量体。initialはあってもなくてもい
い形容詞ですね）、またはすでにオリゴマーにまで重合された化合物(この
場合のintactとは導入される形態とはなっていない、それ自身で存在しうる
ものという感じでしょうか？よくわかりません）をシランカップリング剤を
介して導入することにより機能化するのでしょう。

TAKINさん、Mayさん、早速に教えていただいてありがとう
ございました。一部のみで分かりにくいにも関わらず、
明確に言っていただいて感謝いたします。such as以下を
同格にして書かせていただきます。

ネットで用語を探しながら、何とか頑張っていますが、
生化学のさわりでも読むべきですね。