大したコメントは書けませんが、他の人からの役立つコメントを待つ
間のつなぎとして、一言だけ書かせていただきます。

お仕事を始めて間もないころに、中間業者からすでに報酬を減額する
ことについては了承してくださいというメールがあり、それにも関わ
らずお仕事を続けられたのですから、仮にそれが理不尽な要請であっ
たとしても、質問者の方は、それを承知でお仕事を請け負われたこと
になりますね。ですから、今回のところは、減額されたままの報酬に
甘んじるしかないのでしょうね。冷たいようで、ごめんなさい。

というわけで、請求書は、中間業者の言う通りの金額をそのまま書い
て、送付するしかありませんね。請求書は早く書かないと、相手がな
かなか報酬を送ってくれないということもありえるので、早く書いた
ほうがよいのではないかと思います。そして、質問者の方がすでに考
えておられるように、今回のお仕事については、ご自分の勉強のため
に採算を度外視して請け負ったのだと理解するしかないのでしょう。

ただ、これからは、次のようなことに気をつけてお仕事をしていくこ
とになるのでしょうね。

(1) 自分なりに妥協できる最低限度の報酬額を決めておき、それを下
回る仕事は、断じて断る。ただし、自分の勉強のためだと理解できる
場合は、いくら安くてもいいでしょうね。それは一人ひとりが決めて
いくしかないでしょうね。

(2) 新しい顧客からのお仕事をするときには、その顧客から請け負っ
たお仕事を一ヶ月ほど仕上げたあとは、その顧客からその一か月分の
お仕事の報酬をいただいたあとでない限り、次のお仕事は請け負わな
い。6ヶ月ほど散々に働かせたあとに、その会社が逃げるという話もよ
く聞きますし、あるいは、ずっとあとになってから、それぞれのお仕
事の報酬のレートが実はすごく低かったことに気づかされることもあ
りますからね。

以上、当たり前のことをだらだらと書いただけのような気がします
が、よいアドバイスが他の方からいただけるよう、質問者の方のため
に祈っております。世の中は不況が厳しく、あらゆる業界の人たちは
仕事がなくて困っているようですが、翻訳者は特に困っているのかも
しれません。そんな折に、質問者の今回のお話を伺って、身につまさ
れるような気持ちにみんながなっていると思います。どうかこれに懲
りずに、お互いに頑張っていきましょう。

なお、あまりにも安い報酬、あるいは無報酬でお仕事を請け負うと、
翻訳業界全体の単価がどんどん安くなっていって、他の翻訳者に迷惑
を掛けることになるから、プロとしては安い報酬のお仕事を断るべき
だという考え方もありますが、私は、それは一人ひとりの自由だと考
えております。

翻訳者の方々のますますのご健康とご健闘を祈りつつ。