Kenさん、初めまして。

>翻訳者側の計測した単語数とクライアントの計測した単語数が違う場
>合、皆さんならどうされますか？
　↓
勿論、翻訳会社（クライアント）に問い合せて、どのようにカウント
したのかクリアにします。それで納得できない場合は、こちらの主張
を伝えたうえで、それでもダメなら、以降取引を自粛します。

>訳出しても計測されないケースなどはあるのでしょうか？
>例えば、原文の内容にダブりがある場合などは、訳も当然ダブります
>が、そのような場合は計測されないとか、固有名詞、数字などは計測
>しないだとか。
　↓
翻訳会社（クライアント）によって、数字はカウントしないとか、
元々英語で記載されていた単語はカウントしないなど、セコイ会社
もあります。また会社によっては「目視計算」しているため、誤差
が生じることも考えられます。また、Excelで作成した表をWordに
貼り付けた場合、表中の文字が正確にカウントされないと耳にした
ことがあります（これについては私も定かではありません）。

>また、計測単語数に誤差が出た場合、何％位までが許容範囲として考
>えておられますか？
　↓
私の場合は限りなくゼロ％です。もっとも差異が100円くらいなら
面倒なので放っておくことはありますが。

>私個人もクライアントに問い合わせをしている所ですが、返事が中々
>ありません。
　↓
もし翻訳会社に問い合せしているのに返事がないのであれば、
今後の取引を考えたほうが良いと思います。コディネイターであれば
当然すぐに答えられるはず。メールで問い合わせて返事がないので
あれば、電話で確認してください。

Kenさんがこうしてご質問されたということは、先方とKenさんとの
差異が相当乖離しているということでしょうか？

以上、参考になれば幸いです

マコト